В 1999 г. воcстановление Храма возобновилось. В северном пределе были вставлены оконные рамы. Придел был очищен от грязи, льда и снега. В алтаре временно был сделан деревянный пол, временный иконостас. Крыши над головой не было, был только кирпичный свод и, как только наступила оттепель, сверху закапало.
Освящение престола и первая литургия в Храме были совершены на Лазареву субботу 3 апреля 1999 года, освящал ныне покойный секретарь епархии архимандрит Иоанн Сипратов. Престол был освящен в честь св. Пророка Иоанна Крестителя.
Временную крышу над приделом, в котором был освящен престол, покрыли летом в том же году. Все работы проводились своими силами, так как на тот момент никаких серьезных денежных поступлений не было. В течение 2001 года были покрыты все остальные купола и установлены остальные кресты.