В 1991 году по благословению Митрополита Симона была организована церковная община и здание Храма было передано Церкви. Священника на приходе тогда ещё не было, но с этого момента началось восстановление Храма. В 1994 году был сооружен и покрыт центральный купол и установлен крест. Были собраны каркасы двух малых куполов и на них установлены кресты. Позже все работы были приостановлены, и продолжились после назначения настоятелем Храма иерея Виктора Рупова.
Определением управляющего Рязанской епархией Митрополита Симона (ныне покойным) от 13 ноября 1998 года настоятелем Никольской церкви с.Пертово был назначен иерей Виктор Рупов. В храме не было ни окон ни дверей, служить начали в здании бывшего детского сада, расположенном около Храма (здание было безвозмездно было передано церкви). Там было устроено все необходимое для освящения и 13 декабря 1998 года молитвенный дом был освящен, была отслужена первая литургия и в с. Пертово начала возраждаться духовная жизнь. Освящать, по благословению Митрополита Симона, приезжал наместник Трицкого монастыря г.Рязани Архимандрит Андрей (день освящения совпал с памятью апостола Андрея Первозванного), престол был освящен в честь Святой Троицы. Но в этом маленьком Храме служили недолго, не прошло и двух месяцев как в ночь с 4-го на 5-е февраля 1999 года случился пожар и он сгорел дотла. Тогда было принято решение начать служить молебны в самом Храме и начались работы по его восстановлению.